快速入门指南

创建GeneDock账号

登录 www.genedock.com 点左上角“注册”创建GeneDock账号。

注册邮件激活后,即可使用GeneDock 服务。

运行公共工作流

(1) 账号注册成功后,GeneDock默认为用户安装了常见的工作流,如下图:

(2) 用户可访问公共库,安装其他感兴趣的工作流

安装公共工作流有两种方式,分别如下:

方法1:在工作流页面,点添加公共工作流

方法2:在侧边栏点击“公共库”,选择“公共工作流”

这里我们选择FastQC和测试数据,点“查看详情”进入

点击立即安装,安装完成后,会自动转到“我的工作流”页面。

在下拉菜单中,切换组织为“public”即可见。

选择好工作流,点“运行”,即可运行任务。

查看任务

页面跳转到“任务”列表页面,列表页面记录了任务的名称、创建时间、运行进度和状态。

点任务名称FastQC 会进入任务详情页

在任务详情页,可以看到任务日志、任务参数及相关文件文件下载列表

数据操作

刚才运行的公共工作流使用的是demo数据,用户可以通过多种途径,上传自己的数据并运行工作流。

(1)web上传数据

对于不超过500MB的文件,且网络条件比较良好,可以使用web上传数据。

用户可以拖拽或者点击上传控件上传数据

(2)图形化数据客户端上传数据

对于比较大的文件,比如超过1GB等,建议使用图形化客户端上传数据,图形化客户端支持断点续传,可提升上传过程的健壮性。

访问GeneDock的帮助中心 ), 选择下载适配您操作系统的图形化客户端。安装好后,即可上传和下载数据。

其他功能请参考 数据工具

(3)命令行数据客户端上传数据

对于不支持图形化的环境,用户可使用命令行数据客户端上传数据。

访问GeneDock的帮助中心 ), 选择下载适配您操作系统的命令行数据客户端。安装好后,即可上传和下载数据。

安装好后,用户需要配置下认证信息,命令行如下:

gdc config -e <endpiont> -i <Access ID> -k <Access Key>

备注:

北京域的endpoint 为:https://cn-beijing-api.genedock.com

深圳域的endpoint 为:https://cn-shenzhen-api.genedock.com

Access ID 和 Access Key 不是用户和密码, 需要在 www.genedock.com 登录后,点击“进入后台”、“设置”、 “AccessKey”页面获取,如下图:

配置成功的消息如下:

配置好认证信息,即可使用gdc upload命令上传数据。