快速入门指南
创建GeneDock账号
登录 www.genedock.com 点左上角“注册”创建GeneDock账号。
注册邮件激活后,即可使用GeneDock 服务。
运行公共工作流
(1) 账号注册成功后,GeneDock默认为用户安装了常见的工作流,如下图:
(2) 用户可访问公共库,安装其他感兴趣的工作流
安装公共工作流有两种方式,分别如下:
方法1:在工作流页面,点添加公共工作流
方法2:在侧边栏点击“公共库”,选择“公共工作流”
这里我们选择FastQC和测试数据,点“查看详情”进入
点击立即安装,安装完成后,会自动转到“我的工作流”页面。
在下拉菜单中,切换组织为“public”即可见。
选择好工作流,点“运行”,即可运行任务。
查看任务
页面跳转到“任务”列表页面,列表页面记录了任务的名称、创建时间、运行进度和状态。
点任务名称FastQC 会进入任务详情页
在任务详情页,可以看到任务日志、任务参数及相关文件文件下载列表
数据操作
刚才运行的公共工作流使用的是demo数据,用户可以通过多种途径,上传自己的数据并运行工作流。
(1)web上传数据
对于不超过500MB的文件,且网络条件比较良好,可以使用web上传数据。
用户可以拖拽或者点击上传控件上传数据
(2)图形化数据客户端上传数据
对于比较大的文件,比如超过1GB等,建议使用图形化客户端上传数据,图形化客户端支持断点续传,可提升上传过程的健壮性。
访问GeneDock的帮助中心 ), 选择下载适配您操作系统的图形化客户端。安装好后,即可上传和下载数据。
其他功能请参考 数据工具
(3)命令行数据客户端上传数据
对于不支持图形化的环境,用户可使用命令行数据客户端上传数据。
访问GeneDock的帮助中心 ), 选择下载适配您操作系统的命令行数据客户端。安装好后,即可上传和下载数据。
安装好后,用户需要配置下认证信息,命令行如下:
gdc config -e <endpiont> -i <Access ID> -k <Access Key>
备注:
北京域的endpoint 为:https://cn-beijing-api.genedock.com
深圳域的endpoint 为:https://cn-shenzhen-api.genedock.com
Access ID 和 Access Key 不是用户和密码, 需要在 www.genedock.com 登录后,点击“进入后台”、“设置”、 “AccessKey”页面获取,如下图:
配置成功的消息如下:
配置好认证信息,即可使用gdc upload
命令上传数据。