工作流

快速入门的时候，用户使用的是公共工作流，目前GeneDock提供的工作流产品分为WGS、WES和VPE注释工具等。

工作流是运行任务的核心内容，由不同的工具，按照业务的上下游关系进行编排的。

工具是生物信息软件的封装，封装的软件可以是第三方发布的软件，像FastQC、BWA-MEM等；可以是一个简单的shell命令，比如sort、awk等，也可以是生物信息人员自己编写的脚本。封装内容还包括工具运行的资源类型、工具的输入、参数和输出项。

镜像是工具运行的环境，用户可自己制作docker镜像或者从其他docker 仓库里下载下来，最后都需要推送到GeneDock的镜像参考，方便工具使用。

为了方便生信用户在Linux开发环境或者批量、自动化运行任务，GeneDock推出了基于Python的工作流客户端，GWC。该客户端可以管理工具、工作流、投递任务以及查看任务和作业（见后续章节内容）。

基于云端资源启动docker容器，按照设定的输入、参数和输出，运

对于需要SDK的生信用户，GeneDock也提供基于Python和Java语言的SDK，方便用户将GeneDock的服务集成到自己的系统里。

本章节按照如下列表，描述工作流的具体内容：