常见问题

1 基本信息

1.1 问：如何获得GeneDock账号？

答：登录 www.genedock.com， 点右上角“注册”创建GeneDock账号。

1.2 问：使用GeneDock平台需要哪些硬件和软件的要求？

答：运行GeneDock平台提供的公共工作流，只需要可联网的电脑即可。希望用户使用chrome、safari或者firefox等现代浏览器。如果希望自己创建私有工具、运行私有工作流，你需要使用docker，详见《如何制作镜像》

1.3 问：如何找到access id和access key？

答：登录genedock.com网站，进入账户设置页面，切换到 “AccessKey”菜单，详见《数据传输工具》。

1.4 问：什么是“域”？如何选择域？聚道目前有多少个域？

答：地域（简称“域”，Region）指的是GeneDock的服务节点（详见《主要概念》）。

用户可根据自己的网络设施，选择不同的服务节点使用，例如北方用户主要使用北京域，南方用户主要使用深圳域，具体可咨询聚道的售前工程师。

目前GeneDock有北京和深圳和两个域。当某个域的资源无法满足客户需求时（如计算资源等），客户可以联系我们的工作人员进行域的切换。

2 数据相关

2.1 问：如何上传、下载数据？

答：GeneDock数据传输工具提供完善的数据传输服务，详见《数据传输工具》。

2.2 问：上传、下载数据没有速度怎么办？

答：由于数据上传下载受到网络运营商等因素影响，我们建议您更换网络环境重新尝试。若问题依然存在，可以联系我们的工程师。

2.3 问：我的数据客户端会被杀毒软件报毒怎么办？

答：您无需担心GDC（GeneDock Data Client）数据客户端的安全性。
GDC基于对您数据安全性考虑，对您的核心信息进行了加密封装，可能因此导致某些杀毒软件由于不能“开箱 检查”而造成误报，例如Avast。
您需要手动将GDC添加到Avast软件的白名单中，步骤如下：
1.打开Avast用户界面，“设置(Settings)” > “通用(General)”
2.将GDC的本地路径添加到 “排除项(Exclusions)” > “文件路径(File paths)”中
3.点击“添加(Add)”即可生效
如下图所示
avast

2.4 问：在 windows 7 上使用数据客户端访问 FTP 存储搭建的私有云服务时，为何数据上传下载失败？

答：由于 windows 7 操作系统防火墙对 Java FTPClient 被动模式连接存在小问题，导致从私有云 FTP 服务传输数据失败。不过您不用担心，只需要按照微软官方说明：http://support.microsoft.com/kb/2754804，点击“修补程序下载可用”后，输入邮箱地址下载补丁，安装后重启即可。如图所示
ftp-client-does-not-establish

2.5 问：启动图形化数据客户提示计算机中丢失 api-ms-win-crt-runtimel1-1-0.dll ？

答：请根据您的操作系统版本，下载并安装相应的 “Visual C++ Redistributable for Visual Studio 2015” 包。x86 | x64。安装成功后重启电脑即可。

注意：如果在 Windows 7 上安装 Visual C++ 2015 失败，请先安装 KB976932 系统更新。更新方式参考微软官方支持 “安装 Windows 7 Service Pack 1 (SP1)”

2.6 问：在 Linux 上传输 FastQ 数据失败，日志显示 “…version `GLIBCXX_3.4.17’ not found.” ？

答：您可以通过下面命令查看系统当前支持 GLIBCXX 版本。

mkdir temp
cp genedock-data-client/genedock-lib/library/genedock-official-java-sdk-1.1.0.jar ./temp/
cd temp
unzip genedock-official-java-sdk-1.1.0.jar
ldd dsrcjava.so

结果如下:

./dsrcjava.so: /usr/lib64/libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.17' not found (required by ./dsrcjava.so)
    linux-vdso.so.1 =>  (0x00007ffd087f8000)
    libstdc++.so.6 => /usr/lib64/libstdc++.so.6 (0x00007fe0c678d000)
    libgcc_s.so.1 => /lib64/libgcc_s.so.1 (0x00007fe0c6577000)
    libc.so.6 => /lib64/libc.so.6 (0x00007fe0c61e2000)
    libm.so.6 => /lib64/libm.so.6 (0x00007fe0c5f5e000)
    /lib64/ld-linux-x86-64.so.2 (0x0000003b43400000)

通过上面结果中的 /usr/lib64/libstdc++.so.6 文件可以查看当前支持 GLIBCXX 版本，如下：

[root@centos-2 temp]# ll /usr/lib64/libstdc++.so.6  # 查看 libstdc++.so.6 指向
lrwxrwxrwx. 1 root root 19 5月  21 16:35 /usr/lib64/libstdc++.so.6 -> libstdc++.so.6.0.13
[root@centos-2 temp]# strings /usr/lib64/libstdc++.so.6 | grep GLIBCXX  # 查询 GLIBCXX 版本
GLIBCXX_3.4
...
GLIBCXX_3.4.13
GLIBCXX_FORCE_NEW
GLIBCXX_DEBUG_MESSAGE_LENGTH

可见当前最高支持 GLIBCXX_3.4.13。您需要安装/更新系统 gcc 程序至 4.8 或以上的版本，安装/更新成功后 /usr/lib64/libstdc++.so.6 指向也会自动更新，此时已经支持 GLIBCXX_3.4.17，如下：

[root@centos-2 ~]# ll /usr/lib64/libstdc++.so.6
lrwxrwxrwx. 1 root root 19 5月  22 09:53 /usr/lib64/libstdc++.so.6 -> libstdc++.so.6.0.25
[root@centos-2 ~]# strings /usr/lib64/libstdc++.so.6 | grep GLIBCXX
...
GLIBCXX_3.4.17
...
GLIBCXX_3.4.25
GLIBCXX_FORCE_NEW
GLIBCXX_DEBUG_MESSAGE_LENGTH

3 镜像相关

3.1 问：上传到GeneDock上的镜像怎么删除呢？

答：目前不提供删除，上传一个同样名字和标签的镜像，可以替换掉原来的镜像。

3.2 问：从Docker Hub 下载镜像慢怎么解决？

答：由于Docker Hub在国内没有使用CDN（Content Delivery Network，内容分发网络），及运营商分配的国际出口带宽小等原因造成下载慢，可以使用Docker加速器，比如DaoCloud的免费服务。

3.3 问：使用Ubuntu操作系统的apt-get安装软件时速度慢怎么解决？

答：官方镜像中的源一般都是国外的源（ archive.ubuntu.com ）。由于国内网络的原因，连接archive.ubuntu.com很有可能非常慢。因此容器内的baseimage中使用国外源的话，而容器在国内运行，apt-get update会非常慢。可以修改/etc/apt/sources.list，把软件源换成国内地址，可以在Ubuntu中文Wiki中查找到源列表。请注意，sources.list文件需要与您所使用的Ubuntu系统的版本对应。详见《如何制作镜像》。

3.4. 问：使用Ubuntu操作系统的apt-get安装软件报“Hash 校验和不符”怎么解决？

答：该报错主要由于Ubuntu 下载的索引文件不是来自指定的软件源，而是网络服务提供商的缓存，可以通过如下2种方法解决：

  • 使用代理：修改/etc/apt/apt.conf，添加一行：Acquire::http::Proxy "http://yourproxyaddress:proxyport";
  • 修改docker daemon（守护进程）使用的DNS：启动Docker Daemon的时候设定DOCKER_OPTS，添加–dns参数。

3.5 问：上传比较大的镜像总失败，是否有什么好的建议？

答：根据用户所在的网络环境的不同，上传镜像的速度会不同。

建议用户在做Dockerfile的时候，减少每一层的命令内容，避免上传某一层，由于内容太多而超时。

Dockerfile最好增加一些减少镜像体积的命令行。尽量控制镜像在3GB以内。

或者修改docker daemon使用的DNS。

4 工具相关

4.1 问：不知道所写的命令行模版是否正确怎么办？

答：在测试栏中填写输入文件，点击命令行即可看到替换输入输出项的shell脚本。

shell

5 工作流相关

5.1 问：为什么提示node_id、enid、工作流名称等非法？

答：提示非法的原因是不符合命名规范，请根据下面具体的命名规范进行检查：

项目 首字符 其他字符 字符长度 是否支持中文
node id 字母和下划线”_” 字母、数字、下划线 - 不支持
enid 字母和下划线”_” 字母、数字、下划线 - 不支持
工作流命名 字母 字母、数字、短横线”-“、下划线”_” 3~128个字符 不支持

5.2 问：为什么运行工作流时会显示“编译失败，请检查参数设置是否正确”？

答：造成该问题的原因可能很多，但大多数是由于工具或者工作流配置导致的。例如：

  • 输入的文件与工具对应输入项所允许的文件格式不符；
  • 工具中对应的参数与工作流中对应的参数不服；很有可能是由于修改了工具，但是没有修改包含该工具的工作流；
  • 配置工具中，命令行模板编写不对，如拼写错误等等。

6 任务相关

6.1 问：在与GeneDock的工作人员交流时，经常提到的task id是什么？如何查询？

答：task id是我们系统使用识别“任务”的一个24位的字符串。提供task id可以方便我们工作人员快速定位到你所提交的任务。其实不光有task id，我们的数据（enid）也使用了全局唯一的id。这些id可以通过浏览器的地址栏来进行查询（如下图显示的是task id）。

taskid

6.2 问：运行任务，显示waiting，是什么意思？

答：任务的运行有几种状态，success、waiting、failed、submit等。waiting指的是任务已经提交，但是还在等待云端分配资源。如果你长时间显示waiting（如超过12小时），很可能是由于你要求的资源过多或者资源类型比较特别，请及时联系GeneDock 技术支持人员。

6.3 问：是否可以自动运行工作流，批量提交任务呢？

答：GeneDock提供基于HTTP协议的REST风格API，可以与系统中的工具（Tool）、工作流（Workflow）、任务（Task）进行交互。其中ActivateWorkflow可以用于运行指定工作流，实现批量提交任务的功能。SDK是对API的封装，使用它可以更方便的调用我们的API。

目前GeneDock提供python版和Java版的SDK。

我们还提供工作流命令行客户端，进一步方便客户使用。

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