6月22日至23日，第三届英特尔生命科学信息技术论坛在北京召开，GeneDock作为英特尔合作伙伴的一员，受邀参加此次论坛，CTO王乐珩在论坛上分享了GeneDock在精准医学数据集成和临床智能决策支持领域的解决方案和实践经验。

阅读文章>>

(本文根据GeneDock产品总监何荣惠在知乎的回答整理而成，转载请保留转载信息和原文作者及链接。)

(本文由GeneDock公司Senior DevOps Engineer王皓撰写，转载请保留转载信息和原文作者及链接)

写在前面的话

本文共分三篇：运维篇，开发篇，测试篇。分别从三个角度看DevOps究竟是什么，也许“答案在风中飘扬”。同时也邀请你一起为GeneDock的DevOps之路出谋划策。

(本文由GeneDock公司 Bioinformatics Engineer 武雅蓉撰写，转载请保留作者信息和原文链接)

引子

为了完成主任交代的任务–同时提交成百上千次分析，小F找到了肿瘤科的小W求助。

小F：“小W，上回咱俩交流完，我通过Python SDK已经成功在GeneDock平台提交了任务。我们主任为此还夸奖了我，好激动。可是我们那边样本量很大，经常是成百上千个，如何通过Python SDK批量提交这么多分析任务呢？一个一个地手动修改配置文件好辛苦，还容易出错。”

小W：“这个简单！这种情况的批量提交任务就相当于，按照样本信息把配置文件中的输入项和输出项批量替换，每次替换完配置文件提交一个任务。下面我给你详细说一下具体步骤：”

5月12日至14日，ACM图灵奖五十年中国大会(ACM TURC 2017)在上海召开。

2017年5月15日，GeneDock正式发布人全基因组体细胞突变标准化数据分析服务：GeneDock HG^TM Somatic。
HG Somatic 延续了GeneDock HG “多快好省”的特点，适用于成对测序样本标准化数据分析，可快速鉴定体细胞突变（somatic mutations）。这种分析方法常用于肿瘤领域的组学研究。

利用GeneDock HG^TM Somatic完成一次常规的成对测序样本数据分析（30X Normal+60X Tumor），分析计算时长约为9小时，仅需299元。
阅读文章>>

本文由 GeneDock Genomic Data Engineer 成帆撰写，感谢 GeneDock 基因数据工程师孙兴强，武雅蓉，王玉梅在写作过程中的耐心地审阅和修改，转载请保留作者信息和出处。

小 F 是今年刚进入被誉为“没有疾病隐喻的乐土”的圣芒戈医院工作的一名生信分析师。能有幸为这样高水平的医院工作，小 F 心里美滋滋的。高兴了没两天，主任把小 F 叫去了：“小 F 啊，我听说你之前是专门做微生物二代测序数据分析的？你看，前阵子寨卡病毒传播这么猖獗，病毒的突变又这么厉害，你能不能结合现在大家测的这么多数据搞一个模型，帮我们分析这些疾病传播途径，同时对致病病毒的分子亚型也精确分类，看能不能提前控制疫情？”
阅读文章>>

(本文由GeneDock公司 Bioinformatics Engineer Huanwei Wang撰写，转载请保留作者信息和原文链接)

引子

在二代测序（NGS）领域中，Fastq文件大小和测序深度（即测了多少乘）是两个常用的概念，但不同人给出的Fastq文件大小与测序深度的比例可能并不一致，而且之间的关系也一直模糊不清。

故，这篇博客就试图去探讨这两者的关系及其相关概念。
阅读文章>>

(本文由GeneDock R&D Engineer 吴凯撰写，转载请保留作者信息和原文链接)

前言

生物信息的一个重点就是数据的处理与分析，随着基因行业在临床和科研方面的应用逐渐加深与扩大，样本数量的越来越多，加之分析过程本身也是高并发的过程，如何快速、高效、准确的获得分析结果变成了一个问题。为了应对这个问题，我们需要大量的机器去处理这些作业。当你有一台机器，你可以随时看着这台机器是不是可以继续投递任务，但是拥有一千台甚至是一万台机器的时候，那就已经超出了你的能力程度了。

针对生物信息的计算需求，GeneDock开发了Flash分布式调度平台（简称Flash），它承担了平台的基因分析任务的管理，调度和监控。
阅读文章>>

(本文由GeneDock公司 Bioinformatics Engineer Huanwei Wang撰写，转载请保留作者信息和原文链接)

引子

API和SDK作为强大的技术，目前在互联网行业中被广泛使用。然而在生物信息行业中，对其了解、掌握和使用的人却很少。故作为GeneDock生物信息工程师的本文作者，希望通过这个博客，记录自己学习API和SDK的心得，也帮助更多其他生物信息从业人员使用它。

背景介绍

什么是API？

API（Application Programming Interface）是一组规则、协议或工具，清楚地定义了不同软件部分之间通信的方法。其将应用程序（application）的实现过程隐藏，只暴露调用所必须的部分，供其他开发者使用。

举个例子，大部分人都不知道投影仪的实现过程和原理，但是很多人都可以按照产品说明书，将电脑通过数据线连接到投影仪上，最终放映幻灯片。

相似地，你可能不知道一个应用程序（例如google map）的实现过程和原理，但是通过阅读API文档、调用API，你就可以方便地使用这个应用程序。

再进一步，GeneDock平台也提供了API和SDK，您可以不知道GeneDock产品的实现过程、数据库结构、后台代码，只需调用GeneDock的API，就可以方便地、自动地使用我们GeneDock系统了。