2018-11-14GeneDock

祝贺微生物所在国际著名期刊《Nucleic Acids Research》发布论文

10月26日,国际著名期刊《Nucleic Acids Research》(SCI影响因子11.561)在线发表中科院微生物研究所微生物资源与大数据中心、世界微生物数据中心马俊才团队题为“gcMeta: a Global Catalogueof Metagenomics platform to support the archiving, standardization and analysisof microbiome data”的研究论文。

GeneDock有幸能支持微生物所数据平台建设,助力我国微生物组数据资源的系统管理和高效利用。


gcMeta平台是一个微生物基因组及微生物组数据的管理、分析和发布平台,为国内外用户提供一站式的从数据存储、数据分析到数据发布的服务,目前已经整合了来自中国科学院微生物组计划及国内外多个重要项目的数据。该平台的发布将有效支撑我国微生物组研究并为未来我国国家微生物组计划的实施提供重要的支持。


图一: 用户数据管理、数据分析及数据发布流程


图二: gcMeta数据管理系统及主页


图三: gcMeta数据分析及可视化系统

gcMeta建立了一个微生物基因组、元基因组和转录组管理、数据在线分析、可视化及数据发布的一站式系统。目前已经整合来自国际相关平台(NCBI、EBI、MG-RAST等)及重要项目(HMP、Tara等)超过12万样本数据,来自我国科学家的超过2000余个样本数据,总数据量超过120TB。平台为用户提供了多级的数据管理和权限控制体系,可用于各研究组管理未发表数据,并在研究组内共享,也可以将内部管理数据进行在线发布与公开。平台为所有公开数据提供基于Persistent Identifier (PID) 系统的唯一PID号,用于在学术期刊的公开发表及后续数据引用及分析。此外,平台还整合了超过90个在线数据分析工具,提供针对扩增子序列、全基因组序列等4套分析工作流,所有的分析工具和工作流都是以web方式使用,方便微生物领域用户快速掌握及使用。用户可以通过该平台方便地实现数据管理、数据分析、结果展示和数据发布等一系列服务,平台也将为用户提供全过程的使用支持,欢迎国内外用户使用该平台。